Giới hạn chakra
Tuy nghe khá khó tin nhưng chakra cũng chính là điểm yếu của gia tộc Otsutsuki trong Naruto. Lí do là vì Otsutsuki là những sinh vật ngoài hành tinh được sinh ra mà không có chakra thế nên là họ phải trồng và thu hoạch nó hoặc lấy nó từ người khác.
Thậm chí trước đó Kaguya cũng rất tức giận khi biết Hamura và Hagoromo - 2 người con trai do bà sinh ra có chakra chảy trong mình và muốn lấy lại nó. Với gia tộc Otsutsuki, việc sử dụng các kỹ thuật mạnh mẽ đòi hỏi một lượng lớn chakra, thế nên khi Kaguya đã từng được biết là sắp cạn chakra và Black Zetsu khuyên bà nên rút lui trước. Một ví dụ khác là Momoshiki cũng cần trái cây chakra để tăng lượng chakra của mình.
Tự cao và kiêu ngạo
Đa số các thành viên Otsutsuki gốc đều rất kiêu căng, ngạo mạn và rất tự tin vào sức mạnh của mình. Cũng vì thế mà đa số họ đều thua trận vì sự kiêu ngạo của chính bản thân mình.
Như khi Kaguya chiến đấu với Naruto, bà ta tự tin và biết tất cả các loại Jutsu vì cô ấy là thủy tổ của chakra và có thể hấp thụ tất cả Jutsu nhưng đã bị sốc khi thấy được Sexy no Jutsu.
Giết vật chứa của Otsutsuki
Gia tộc Otsutsuki có thể tiếp tục sống bằng cách truyền năng lượng sống của mình thông qua Karma sang các sinh vật sống khác. Vì vậy mà Otsutsuki sẽ sống lại bằng cách sử dụng cơ thể của vật chứa đó.
Thế nhưng nếu đối tượng hoặc chủ nhân của phong ấn Karma bị giết trước khi quá trình chuyển giao hoàn tất, thì Otsutsuki cũng sẽ chết mãi mãi.
