Những gì diễn ra trong phần Naruto đầu tiên và Naruto Shippuden khác nhau như ngày và đêm. Ngoài sự hiện diện của các nhân vật ra thì khó có thể nghĩ được đây là 2 phần của một bộ anime. Sự khác nhau này do những chất riêng mà bộ anime Naruto đã mất trong quá trình phát triển của nó. Và đây chính là những thứ dẫn đến sự khác biệt đó.

5.Nhẫn giả không còn là nhẫn giả 

Từ sự bắt đầu của Naruto Shippuden, mọi thứ đã bắt đầu đi xa dần những khái niệm về nhẫn giả mà bộ Naruto đầu tiên đã tạo nên. Đỉnh điểm đó chính là khi rận đại chiến nhẫn giả bắt đầu, từ đó người hâm mộ không còn nhận ra những nhân vật đang chiến đấu đó là nhẫn giả nữa. Nhiều người còn nói vui rằng với những nhẫn thuật khổng lồ thì Naruto đang như Dragon Ball 2.0

4. Những trận đấu chiến thuật không còn xuất hiện

Một khoảng khắc đáng  nhớ nhất trong Naruto phần đầu tiên đó chính là kỳ thi Chunin. Tại đó những gì được xem là tạo nên thương hiệu của nhẫn giả đều được đưa vào. Đến những trận đánh đầu tiên của Naruto Shippuden vẫn còn giữ được các chiến thuật này. Nhưng tất cả đều thay đổi khi Sasuke và Deidara chiến đấu với nhau. Khi đó chiến thuật đã không còn quan trọng bằng sát thương của những tuyệt kỹ.

3.Mọi thứ chỉ xoay quanh Naruto và Sasuke

Trước đây, cụ thể là trước khi trận đại chiến nhẫn giả bắt đầu, thì các nhân vật phụ của Naruto vẫn còn nhiều đất diễn để tỏa sáng. Kể từ sau trận đại chiến nhẫn giả xảy ra thì những nhân vật ngoài Naruto và Sasuke đều bị cho ra rìa. Thậm chí là Sakura và Kakashi cũng chịu số phận "đen" không kém.

2. Huyết kế giới hạn không còn hiếm như trước

Byakugan hay Sharingan đã từng là thứ khiến các nhẫn giả đặc biệt trong thế giới giả tưởng này. Đó là một trong những thứ sức mạnh khiến Kakashi bị nể sợ, còn tộc Hyuga cũng là một trong những gia tộc đáng sợ nhất làng. Nhưng trải qua một thời gian thì mọi thứ dường như đã bị thay đổi. Danzo thì có rất nhiều Sharingan  trên tay, Obito thì có cả một bộ sưu tập. 

1.Mối thù của Naruto và Sasuke bị thay đổi hoàn toàn

Mối thù giữa Naruto và Sasuke ngay từ đầu đã được định sẵn sẽ là xương sống của toàn bộ câu chuyện. Vào thời điểm đó, cả 2 luôn được tác giả miêu tả như 2 mặt của một đồng xu. Nhưng khi mọi thứ phát triển hơn, thì tác giả lại đưa ra một quyết định khá sai lầm. Đó chính là cho cả 2 là đại diện của Asura và Indra. Từ đó khiến mối thù này mất đi sự cam go vốn có của nó, mà khán giả chỉ xem nó như một điều hiển nhiên sẽ xảy ra.