Xét theo khía cạnh nào đó, Yahiko và Nagato đều có thể là Pain. Tuy nhiên, để hiểu rõ hơn, trước hết ta cần phải xem qua quá khứ của họ trước.
Nagato, Yahiko và Konan đều là những Shinobi trẻ được Jiraiya thu nhận và dạy dỗ trong chiến tranh shinobi. Cả 3 đã quyết định thành lập một tổ chức với mục đích để bảo vệ hoà bình mà sau đó có tên là Akatsuki. Càng ngày, Akatsuki càng lớn mạnh. Cho đến một ngày Hanzo, khi ấy là người đứng đầu Làng Mưa, đã phục kích cả 3 người vì lo sợ tầm ảnh hưởng của tổ chức. Trong cuộc chiến với Hanzo, Yahiko đã chết và Nagato bị thương nặng.
Cái chết của Yahiko đã tạo ra một tác động rất lớn đến Nagato. Cậu ta tin rằng mọi người không dễ dàng chấp nhận sự hoà bình mà phải trải qua đau khổ chiến tranh mới biết ý nghĩa thật sự của hoà bình. Do đó, Nagato đã chọn lấy cái tên Pain, cùng với Konan dẫn dắt Akatsuki theo hướng hoàn toàn mới.
Trong cuộc chiến với Hanzo, Nagato đã bị thương nặng ở chân nên từ đó không thể đi được. Tuy nhiên, để tiếp tục kế hoạch và dẫn dắt Akatsuki theo niềm tin về hoà bình của mình, Nagato đã sử dụng Rinnegan để cùng một lúc điều khiển 6 cơ thể từ xa bằng chakra. 6 người này đều được gọi là Pain, trong đó một người là cơ thể của Yahiko.
>> XEM THÊM: Boruto chapter 74: Liệu Daemon có thể hạ gục Naruto trong chế độ Baryon?
Sau này Akatsuki trở thành một tổ chức đánh thuê chuyên nghiệp. Hầu hết những việc làm xấu xa của Akatsuki đều được thực hiện bởi Pain (Yahiko). Pain là người đã hạ gục Hanzo để chiếm lấy làng mưa, tuy nhiên người thật sự nắm giữ vai trò đứng đầu làng mưa lại là Nagato chứ không phải Yahiko. Tương tự, trong lần đối đầu với Jiraiya, ông cũng chỉ nghĩ đó là Yahiko đang đối diện với ông chứ không phải là Nagato.
Do đó, lý do fan hâm mộ thường nhầm lẫn như vậy là vì Nagato là người đứng trong bóng tối điều khiển cơ thể của Yahiko - là một trong 6 Pain do Nagato tạo ra. Tuy nhiên đến những tập sau, thông tin này cũng đã được làm rõ và cuối cùng Nagato cũng đã lộ diện toàn bộ hình dạng của mình.
