Chị em nhà Miyano
Cả Ai Haibara và chị gái của mình đều biết được rằng Conan không ai khác chính là Shinichi bởi bản thân Haibara hay còn được biết đến với mật danh Sherry là người đã tạo ra loại thuốc APTX4869. Đối với những fan lâu năm của Thám tử lừng danh Conan thì đây là thứ đã biến Shinichi từ một học sinh trung học thành một cậu bé vừa vào lớp 1. Về phần cô chị gái Akemi của Haibara, Conan đã tiết lộ bí mật của mình trước khi cô qua đời.
Tiến sĩ Agasa
Là hàng xóm của gia đình Kudo, tiến sĩ Agasa cũng vô tình là người đầu tiên biết được thân phận thật sự của Conan. Không thể vào nhà của mình sau khi bị teo nhỏ ở tập đầu tiên, Shinichi đã vô tình bắt gặp tiến sĩ Agasa và kể cho ông toàn bộ những gì đã diễn ra. Nhận được sự tin tưởng lẫn nhau, tiến sĩ Agasa và Shinichi đã hợp tác cùng nhau trong nhiều vụ án với những thiết bị công nghệ hiện đại được Agasa chế tạo.
Hattori Heiji
Mặc dù là kình địch của nhau trong quá trình phá án nhưng thám tử miền Tây Hattori Heiji đã phần nào phán đoán ra bí mật này sau khi nhận ra những điểm tương đồng của người bạn thân và Conan, nhất là dáng vẻ đắm chìm vào suy luận vô cùng quen thuộc. Việc gây mê Heiji của Conan đã khiến chàng thám tử này thực sự biết được thân phận thật sự của cậu bé và dọa sẽ tố giác với Ran nếu Conan không kể toàn bộ vụ việc.
Vermouth
Tính đến thời điểm hiện tại, Vermouth là thành viên của Tổ chức Áo đen biết được danh tính thật sự của Conan nhưng cô lại không tiết lộ này với tổ chức mà mình phục vụ. Nguyên nhân là bởi bản thân cô nàng còn có rất nhiều bí mật muốn che kín khỏi tổ chức và cô cũng từng được bộ đôi nhân vật chính cứu mạng một lần nên quyết định mang ơn Conan và Ran.
Bố mẹ của Shinichi
Đến khi phát hiện ngôi nhà của mình trống không cùng sự biến mất của cậu con trai cưng, Yusaku và Yukiko đã ngay lập tức liên hệ ông hàng xóm của mình là tiến sĩ Agasa để rồi biết được rằng Shinichi giờ đây đã là một cậu bé tiểu học. Không chỉ vậy, họ còn biết thêm về những sự việc liên quan đến Tổ chức Áo đen vô cùng bí ẩn.
Shuichi Akai
Dưới thân phận Subaru Okiya, Akai đã cảm thấy nghi ngờ khi bắt gặp Conan lại giả giọng Shinichi trên điện thoại nhưng nhân vật này lại rất tôn trọng Conan và mong muốn cậu bé sẽ tiết lộ bí mật của mình ở thời điểm thích hợp nhất. Về phần Shinichi, cậu cũng cảm nhận được thân phận Conan của mình đã bại lộ trước Akai nhưng chàng thám tử trung học vẫn quyết định giữ bí mật về việc này.
Eisuku Hondou
Khi tìm kiếm thông tin về người chị Rena của mình, anh chàng hậu đậu Eisuke Hondou đã phát hiện ra Conan chính là Shinichi vì nhận ra những hành động bất thường của Mori Kogoro và sự xuất hiện của Conan mỗi khi ông thám tử này ngủ gật. Không chỉ vậy, Eisuke còn nhận ra khoảng thời gian Shinichi biến mất có liên hệ với sự xuất hiện của Conan. Tuy nhiên, bản thân anh chàng không hề hay biết về lý do tại sao Shinichi lại biến nhỏ.
Mẹ con nhà Sera
Masumi có vẻ đã biết Conan là Shinichi trước khi họ gặp nhau vì cả hai từng bắt gặp nhau trong quá khứ. Thậm chí Masumi còn cố tình phán đoán sai để khiến Shinichi phải lộ diện thân phận của mình. Trong khi đó, mẹ của Masumi là Mary nhận thấy Conan không phải là người mà cô và Masumi đã gặp 10 năm trước.